Schimmelkäse ist eines der wenigen durch Schimmelpilze fermentierten
Lebensmittel, die in Westeuropa einen großen Stellenwert besitzen. Die Herstellung
erfolgt, indem der Milch als Starterkulturen Milchsäurebakterien und Lab zugegeben werden.

Durch das Lab, welches entweder aus Kälbermägen gewonnen oder biotechnologisch
mit Hilfe von Schimmelpilzen hergestellt wird, gerinnt das Milchprotein Casein und fällt aus. Die restliche Flüssigkeit (Molke) wird abgepresst und die entstandene Gallerte geschnitten. Hierdurch entsteht der Käsebruch, der dann in Formen abgefüllt wird und reift.

Bei der Herstellung von Schimmelkäse wird zusätzlich mit Sporen essbarer Schimmelpilze beimpft. Dabei unterscheidet man Weißschimmel und Blauschimmelkäse. .

Schimmelpilzstämme, die als Starterkulturen für das  Beimpfen von Lebensmitteln verwendet werden, erfüllen verschiedene Kriterien:
• Die Stämme dürfen keine Mykotoxine produzieren und müssen apathogen
sein;
• sie müssen in der Lage sein, sich gegen andere Schimmelpilze durchzusetzen,
um so ein ungewolltes „Verschimmeln“ zu verhindern;
• sie müssen proteolytische (Proteine spaltende) und lipolytische (Fette
spaltende) Aktivitäten aufweisen.

Für Weißschimmelkäse wie Camembert und Brie wird der Schimmelpilz
Penicillium camemberti verwendet. Entweder wird der Pilz direkt mit den
Starterkulturen zur Milch gegeben oder nach dem Pressen des Käsebruchs
als Sporensuspension auf die Oberfläche gesprüht.

Der Schimmel bildet sich nach drei bis vier Tagen auf der Oberfläche des Käse, der zunächst für ein bis zwei Wochen bei 10–15 °C reift, dann verpackt und kühl gelagert wird.
Der Verzehr erfolgt sechs bis sieben Wochen nach der Produktion.

Während der Reifung bewirken proteolytische bzw. lipolytische Enzyme eine Veränderung
vornehmlich der Textur, aber auch des Aromas. Insgesamt bekommt
der Käse eine andere Konsistenz und wird von außen nach innen weicher.
Der Pilzbewuchs auf der Oberfläche schützt außerdem vor einer Infektion
durch andere Pilze.

Für die Herstellung von Blauschimmelkäse wird Penicillium roqueforti
verwendet. Typische Beispiele sind Gorgonzola aus Italien, der aus Kuhmilch
entsteht, und Roquefort aus Frankreich, für den ausschließlich Schafsmilch
verwendet wird.